Berikut adalah penyakit atau komplikasi yang paling penting yang mungkin disebabkan oleh ensefalitis Jepun:
Jiwa - Sistem saraf (F00-F99; G00-G99).
- Kerosakan neurologi dan / atau psikiatri kekal, tidak dinyatakan - dalam lebih daripada separuh kes.
Mengandung, kelahiran anak, dan nifas (O00-O99).
- Pengguguran (keguguran)