Gejala dan aduan berikut mungkin menunjukkan ensefalitis Jepun:
- Ringan selesema-seperti penyakit - dalam kebanyakan kes.
Meningoensefalitis* (kejadian: 1 dari 250 jangkitan).
- Pada sekitar setiap 250 kes jangkitan.
- Tinggi demam, biasanya 10 hari.
- Perasaan sakit umum
- Cephalgia (sakit kepala)
- Mual (loya) / muntah
- Gangguan kesedaran
- Sawan
- Gangguan refleks
- Kekeliruan
- Perubahan tingkah laku
- Gegaran (gegaran)
- Paresis (kelumpuhan motorik)
- Gangguan gait
- Koma
* Gabungan keradangan otak (encephalitis) dan meninges (meningitis) Kematian (kematian berbanding jumlah orang yang menderita penyakit) dalam penglibatan CNS adalah 30-35%. Kanak-kanak dan orang tua lebih mudah dijangkiti penyakit ini.
