Isoflavonoid mempunyai struktur molekul yang serupa dengan estrogen steroid (hormon seks wanita) dan oleh itu disebut juga fitoestrogen. Walau bagaimanapun, aktiviti hormon mereka lebih rendah dengan faktor 100 hingga 1,000 berbanding dengan estrogen yang terbentuk dalam organisma mamalia. Kerana kesamaan struktur kimia dengan jantina wanita hormon, isoflavon dimakan dengan makanan boleh mengikat reseptor estrogen jenis 2 yang disebut dan menyekatnya untuk estrogen endogen. Oleh itu, isoflavon pada wanita pascamenopause dengan tahap estrogen endogen rendah menunjukkan kesan yang lebih estrogenik, sedangkan isoflavon pada wanita pramenopause mempunyai kesan antiestrogenik dengan menyekat reseptor estrogen.
