Dengan susu ibu, patogen dapat menular dan menyebabkan penyakit yang sesuai pada kanak-kanak, dengan manifestasi yang berlainan sepanjang penyakit ini. Salah satu patogen yang paling penting dalam konteks ini adalah manusia immunodeficiency virus (HIV).
HI virus dan dijangkiti HIV-1 limfosit dapat dikesan pada ibu susu. Jangkitan pada bayi juga disebabkan oleh keradangan dan kecederaan pada puting, melalui rembesan luka berjangkit atau darah boleh melarikan diri.
Sekiranya ibu positif HIV yang tidak dirawat menyusui, dianggarkan 10% kanak-kanak dijangkiti susu ibu pada tahun pertama kehidupan. Di negara-negara yang mempunyai standard kebersihan yang baik (negara perindustrian), ibu-ibu ini tidak boleh menyusui dan bayi harus diberi makanan pengganti susu formula.
Keadaannya berbeza di negara-negara dengan standard kebersihan yang buruk (negara membangun). Di sini, aspek positif penyusuan bayi mendominasi, sehingga WHO (Dunia Pemeriksaan Organisasi) mengesyorkan agar ibu menyusukan anaknya walaupun dijangkiti HIV. Antiretroviral terapi harus dimulakan seawal minggu ke-14 pada mengandung dan berterusan sehingga akhir tempoh penyusuan. Sekiranya boleh, bayi harus diberi susu ibu secara eksklusif selama enam bulan pertama. Risiko penularan HIV selepas bersalin adalah paling rendah dengan cara ini. Selepas itu, pengenalan makanan pelengkap dimulakan dan penyusuan berterusan selama sekurang-kurangnya 12 bulan lagi. Menurut kajian, kadar jangkitan adalah tertinggi dengan penyusuan separa. Penghentian penyusuan yang lengkap juga dikaitkan dengan risiko jangkitan pada anak yang lebih tinggi daripada penyusuan eksklusif. Ini mungkin disebabkan oleh oligosakarida yang terdapat di susu ibu. Tambahan pula, HIV antibodi telah dikesan di kolostrum (kolostrum).
